Dưới đây là những giải thưởng và vinh danh mà Viện trao cho các nhà khoa học xuất sắc:

• viện sĩ danh dự
• Huy chương Cothenius (trao lần đầu năm 1792)
• Huy chương Carus (trao lần đầu năm 1896)
• Huy chương Schleiden (trao lần đầu năm 1955)
• Huy chương Mendel (từ năm 1965, để vinh danh Gregor Mendel)
• Huy hiệu Darwin (chỉ trao năm 1959 nhân kỷ niệm 100 năm ngày xuất bản tác phẩm The origin of species)
• Giải Leopoldina cho các nhà khoa học trẻ
• Giải Georg Uschmann cho Lịch sử Khoa học
• Giải nghiên cứu Leopoldina (từ năm 2001, do Quỹ Commerzbank (Ngân hàng thương mại) tài trợ)
• Giải Thieme của Viện Leopoldina cho Y học
• Huy chương Công trạng (do Ban chủ tịch Viện trao trong những dịp đặc biệt)